کشاورزی تشدید شده متکی بر به حداکثر رساندن تولید محصول با استفاده از کود شیمیایی فسفر نیتروژن و فسفر برای غلبه بر محدودیت های مواد مغذی در گیاهان زراعی است .
زمانی که شرایط آب و هوایی مساعد باشد، کودها اغلب بیش از حداقل نیازهای گیاهی با پیش بینی عملکرد بالاتر از حد متوسط استفاده می شوند. عملیات بزرگ حیوانات محصور شده در حال گسترش است .
و اغلب منجر به انتقال مواد مغذی گیاه از مناطق تولید غلات به مناطق حیوانی می شود که باعث عدم تعادل منطقه ای در ورودی و خروجی مواد مغذی می شود.
اصلاحات کود و کود دامی بر چرخه های مواد مغذی در حوضه های کشاورزی و تلفات غالب است که از نظر اقتصادی برای تولید مزرعه بی اهمیت است و منجر به آلودگی غیر نقطه ای می شود.
که مستقیماً کیفیت آب را مختل می کند. مطالعات در مناظر کشاورزی نشان می دهد که حاصلخیزی رودخانه ها، دریاچه ها و مخازن با کشت در حوضه آبریز افزایش می یابد.
تغییرات چشم‌اندازی که عملیات‌های مبتنی بر محصول و مرتع را در خود جای می‌دهند، زیستگاه‌های رودخانه‌ها و موجودات زنده را تغییر می‌دهند.
آبیاری گیاهان باعث افزایش پتانسیل تجمع نمک در ناحیه ریشه و از دست دادن مواد شیمیایی در جریان برگشتی می شود.
استفاده از حشره کش ها تا حد زیادی از ترکیبات پایدار به فرمولاسیون هایی که تجمع زیستی ندارند تغییر کرده است.
برخی از علف کش ها محلول در آب و پایدار هستند و در نتیجه از معیارهای آب آشامیدنی انسان فراتر می روند. آبزی پروریعملیات، بخش رو به رشدی از عرضه مواد غذایی، منبع مواد آلی، مواد مغذی و آنتی بیوتیک ها برای آب هستند.
بسیاری از گونه های کشت شده بومی نیستند یا به صورت انتخابی پرورش داده می شوند و فرار می تواند اثرات زیست محیطی برگشت ناپذیری داشته باشد.
خنثی کردن تأثیر نامطلوب کشاورزی بر کیفیت آب پیچیده است، زیرا منابع غیر نقطه‌ای هستند و تعداد زیادی از تولیدکنندگان سهم کوچکی در مشکل کلی دارند.
